La Contraloría General de la República rajó a Corporinoquia en su informe de auditoría de la vigencia 2013, el cual fue entregado a finales de diciembre del 2014.
En el informe se menciona que «la Contraloría no fenece las cuentas de la corporación, por la vigencia fiscal 2013». Esta decisión se da por obtener una calificación baja, obtenida en la evaluación de la gestión y resultados, lo que obliga a la corporación a firmar un convenio de desempeño ante la Contraloría delegada sectorial respectiva.
De igual manera, se establecieron 38 hallazgos administrativos, de los cuales tres tienen presunto alcance fiscal con cuantía de $23.620.000 millones de pesos, tres corresponden a indagación preliminar y 20 tienen presunto alcance disciplinario.
Hay retraso en los procesos de notificación de los autos administrativos, 547 del año 2013 y 89 expedidos en el 2012, se encontraron debilidades en la gestión de la entidad, en cuanto al control y seguimiento que se realizan por diferentes conceptos.
Aunado a esto, se evidenció falta de control y vigilancia por parte de la corporación a la gestión y manejo externo de los residuos hospitalarios y similares, incluida la segregación previa a la desactivación, tratamiento y disposición final, lo que afecta el medio ambiente y genera riesgo para la salud humana.
Finalmente, es deficiente la gestión en cuanto a la efectividad del control y seguimiento que realizan a los vertimientos y concesiones de agua; se incumple con una de sus actividades más importantes que es la de generar la reducción de carga contaminante en los vertimientos, y lo más grave, en la jurisdicción de la corporación se han vencido las concesiones del recurso hidríco y estas continúan funcionando sin que la corporación realice pronunciamiento alguno.
